三亚机场海关为海口海关正处级从属海关，事务统辖区域为三亚凤凰国际机场口岸，承当进出境人员行李物品的实践监管责任，承办辖区内离境退税物品验核和离岛免税品的实践监管，担任一致受理各项海关事务咨询、申报，展开辖区内税收征管、查验、计算等海关事务，对国境口岸的卫生状况和停留在国境口岸的进出境交通工具的卫生状况施行卫生监督。
此外，施行对进出境运送工具、货品、物品、海关监管作业场所、加工交易、转口交易、仓储、转关运送的实践监管和监控。承当三亚市保税物流中心（B型）进口货品目的地查验和出口产地/组货地查验检疫责任以及辖区内保税监管场所事务责任；施行海关知识产权维护、海关行政处罚案子。
海口海关担任人表明，三亚机场海关的建立，是海关总署支撑全岛封关运作的详细行动，将为助力三亚更高水平对外开放和经济高质量开展注入新生机，对加速推动海南自贸港建造具有重要意义。